Imtoken国际版地址|xenium

空间生物学的下一个热点—组织原位多组学分析！ - 知乎

空间生物学的下一个热点—组织原位多组学分析！ - 知乎首发于10x Genomics切换模式写文章登录/注册空间生物学的下一个热点—组织原位多组学分析！靳姣姣深耕单细胞多组学及肿瘤免疫微环境对于生物医学而言，限制我们进步的是技术。每当有新的技术出现时，科学就会向前迈进一大步。目前我们已经看到了单细胞测序带给生命科学研究和医药转化的累累硕果，此外空间技术的崭露头角也使得我们能够在组织原位上研究组织微环境结构。在生物学中,几乎一切都与结构有关，甚至可以说,功能也是结构的产物。因此，以亚细胞分辨率在空间原位进行多组学分析，使得我们离生命的真相更近！空间生物学的下一个热点将是组织原位多组学分析！10x Genomics继推出单细胞和空间多组学平台之后，将会在今年年底推出组织原位多组学分析平台—Xenium,今天，小编将为大家揭开Xenium的庐山真面目！Xenium 简介Xenium是一个由10x Genomics提供的端对端完整解决方案,帮助用户实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析。该平台包括Xenium分析仪、试剂耗材和分析软件; Xenium分析系统是一台高度自动化、高通量的组织原位分析技术平台。此外,从组织制备到数据分析,该平台将会得到10x Genomics技术专家团队的全方位支持。它在10x Genomics早期收购的ReadCoor和Cartana的基础技术之上做了大量研发和改进。Xenium分析仪将单分子RNA和蛋白检测的功能与强大的光学元件、数据采集和解码技术相结合,能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平。该平台可以兼容多种样品类型,包括新鲜冷冻(FF)组织和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织。与10x Genomics的其他产品一样, Xenium平台将拥有一条不断拓展的产品路线图,不断增强核心平台的分析能力和分析物种类,比如一张切片同时检测RNA和蛋白质表达水平。Xenium 工作流程Xenium工作流程从在Xenium载玻片上制备组织切片开始。对切片进行处理以暴露出易于杂交的RNA和蛋白质分子,并分别用可环化的DNA探针和带有DNA标签序列的抗体进行杂交标记。DNA探针的两侧带有两个目标RNA特异性的独立杂交的区域。它们还包含基因特异性的标签序列。每对探针末端在与目标RNA区域杂交后会连接产生可酶促扩增的环状DNA探针。这种连接设计确保了每对探针与目标RNA区域杂交的高特异性。蛋白质检测将是该平台未来将拓展的一项功能,它将采用荧光探针杂交标记蛋白的DNA条码序列来检测组织切片中每种标记蛋白的表达水平。每次实验中,可将最多两张载玻片放入Xenium分析仪内。结合在RNA上的扩增后的DNA环状探针与荧光标记的已知短序列探针结合,产生明亮、易于成像且信噪比高的信号。样本经过连续几轮的荧光探针杂交、成像和去除。接着生成每个基因特异性的荧光特征条码,从而实现目标基因的定位和识别。通过荧光探针与抗体上DNA标签序列的杂交可进一步检测蛋白质,并构建出整张组织切片上转录本和蛋白质的全景空间表达图谱。然后,通过细胞核染色,确定细胞核膜位置、形态来推断细胞边界,或通过细胞形态染色来确定细胞边界。最后将细胞边界信息映射到RNA和蛋白表达图像上,并将转录本和蛋白质根据位置坐标分配给每个细胞。后续可以用10x提供的分析软件进行数据可视化展示。Xenium 技术亮点Xenium平台具有许多技术优势,已成为以亚细胞分辨率分析多重空间基因表达和蛋白质表达的理想产品。该平台的核心是全自动和高通量的Xenium分析仪,可以自动进行探针标记、成像和机载数据分析等全流程功能。✔超大通量：Xenium载玻片的成像区域为12X24mm,同时可以两张玻片上机，仪器运行大约需要两天的时间✔起始样本灵活：Xenium兼容冰冻切片和石蜡切片✔应用可不断拓展：Xenium的靶向panel可针对不同组织类型和应用进行不断的拓展。上市之初，我们可以实现多达400个RNA转录本的检测，在未来会实现多达1,000个分析物的同时检测。✔可人工定制Panel:客户可以在我们推出的商业化panel的基础上再定制多达100个基因。✔组织原位亚细胞分辨率：通过原位显微成像的手段，可以实现亚细胞的分辨率✔全面的数据分析解决方案：10x Genomics提供数据分析流程用于数据分析和再分析,并提供先进的软件用于数据可视化分析Xenium 数据展示10x Genomics内测了小鼠新鲜冷冻脑组织的Xenium数据，实验靶向检测了200个基因，并采用邻片进行Visium实验，然后将二者数据进行比较。数据显示，二者具有比较好的一致性，并且Xenium由于是靶向panel检测，其转录组检出率更高。此外，Xenium可以实现亚细胞的分辨率。本次实验还与已有的同类型组织的单细胞数据进行了比较，通过Xenium检出的细胞类型和单细胞分析得到的细胞类型有很高的一致性。原位分析相关应用文献：1.Chen WT.et al.Spatial transcriptomics andin situ sequencing to study Alzheimer's disease.Cell 182: 976-991.e19(2020).doi:10.1016/j.cell.2020.06.038 2.Floriddia EM,et al.Distinct oligodendrocyte populations have spatial preference and different responses to spinal cord injury.Nat Commun11: 5860(2020).doi:10.1038/s41467-020-19453-X3.Soldatov R.et al.Spatiotemporal structure of cell fate decisions in murine neural crest.Science 364: eaas9536(2019).doi:10.1126/science.aas95364. La Manno G,et al.Molecular architecture of the developing mouse brain. Nature 596:92-96(2021). doi:10.1038/s41586-021-03775-X 5.Tosti L.et al.Single-nucleus and in situ RNA-sequencing reveal cell topographies in the human pancreas.Gastroenterology 160:1330-1344.e11 (2021).doi:10.1053/i.gastro.2020.11.010 更多资讯请关注“仁科生物”公众号上海仁科生物科技有限公司，是一家专业的生命科学及医学领域仪器试剂代理销售和研发生产的公司，代理众多国外知名品牌。提供医疗，生命科学，工业等领域的专业分析产品；为高校、医疗、科研机构以及制药企业提供科学的实验解决方案和技术服务。上海市徐汇区漕宝路401号3号楼4D室 Tel:021-34250079 Web：http://www.bio-star.cn Email：marketing@bio-star.cn广州办事处：广州市越秀区中山五路33号大马站商业中心04-101武汉办事处：武汉市洪山区珞喻路10号群光中心二馆1107室成都办事处：成都市青羊区西御街3号领地中心东塔14-135北京办事处：北京市西城区宣武门外大街9号1号楼8302香港办事处：Unit 1003, 10/F, The Rainbow, 22 Wang Yip Street South, Yuen Long, HK（元朗宏業南街22號虹方10樓1003室）编辑于 2022-07-04 09:55空间生物学单细胞​赞同 2​​添加评论​分享​喜欢​收藏​申请转载​文章被以下专栏收录10x Genomics10x Genomics产品介绍，新

Xenium In Situ Platform - 10x Genomics

um In Situ Platform - 10x GenomicsProductsResourcesSupportCompanyView pricingSearchOpen MenuXenium In SituHigh-performance in situ from the single cell leaderCharacterize 100s–1,000s of genes in cells and tissues with ultra precise single cell spatial imagingSpeak to a specialistSee performanceSoftwareInstrumentPanelsResourcesSocialNow accepting preordersA new standard for cell segmentationHave more confidence in transcript-to-cell assignments with precise cell segmentation using multiple morphology featuresIntegrate easily into your Xenium workflow using a simple stain mixReflect cell morphologies more accurately with the advanced AI algorithmPreorder nowBuilt for rapid data explorationThe Xenium Analyzer processes data during the run allowing you to visualize and explore the data right away.Discover Xenium analysisPlus, no cloud is required.Use our open file formats with community-developed tools of your choosing.A state-of-the-art single cell spatial imaging platformXenium Analyzer integrates high-resolution imaging and onboard data analysis enabling the processing of 400 mm² of tissue in <50 hrs (with nuclei-based segmentation).Explore the instrumentTarget the biology that mattersOur panels are carefully designed and curated, incorporating a data-driven approach that combines expert input with years of single cell experience. Customization is fast and easy.Discover Xenium Gene Expression PanelsIn development: Higher plex, simultaneous protein detection panels, and more!ResourcesSee Xenium data in actionExplore our 474 gene human pancreatic cancer dataset post-Xenium H&E and IF images.Explore interactive datasetGrant writing assistanceGet the information you need to write grants featuring Xenium experiments.Download grant resourceHit the ground runningFind useful considerations and tips for experimental design, sample prep, and data analysis.Download planning guideSee what Xenium users are sayingView post on TwitterView post on TwitterView post on TwitterView post on TwitterView post on TwitterView post on TwitterView post on LinkedInXenium is even more powerful when complemented with the 10x toolkitExpand your Xenium insights by combining it with unbiased, whole transcriptome measurements from single cells and entire tissue sections.Chromium Single CellPerform transcriptomic profiling, with multiomic capabilities, in up to a million single cells. Characterize tissue heterogeneity, discover rare cell types, and dissect molecular mechanisms cell by cell.Visium SpatialAssess spatial gene expression of FFPE or fresh frozen tissue sections. Harness whole transcriptome discovery while defining the relationship between cellular function and location.Start your Xenium journeySpeak to a specialistView pricingAboutCompanyInvestorsCareersContactResourcesDatasetsPublicationsSupport DocumentationAnalysis GuidesVideosBlogChromium Single CellPlatform OverviewGene Expression FlexGene ExpressionSingle Cell Immune ProfilingMultiome ATAC + Gene ExpressionSingle Cell ATACNuclei IsolationCRISPR ScreeningMultiomic CytometryBarcode Enabled Antigen MappingChromium X/iXChromium ConnectChromium AnalysisCloud AnalysisVisium SpatialPlatform OverviewVisium AnalysisHD Spatial Gene ExpressionSpatial Gene ExpressionSpatial Gene + Protein ExpressionCytAssistXenium In SituPlatform OverviewXenium AnalysisIn Situ Gene Expression PanelsXenium AnalyzerLegal NoticesPrivacy PolicyTerms of UseEmail PreferencesOther Legal NoticesContact us[email protected]+1 925 401 7300Sign up for product and event updatesSubscribeFollow us on social mediaEnglish中文日本語© 2024 10x Genomics. All Rights Reserved.

揭秘 | Xenium原位分析技术在研究中扮演的重要角色！ - 知乎

揭秘 | Xenium原位分析技术在研究中扮演的重要角色！ - 知乎切换模式写文章登录/注册揭秘 | Xenium原位分析技术在研究中扮演的重要角色！百奥智汇北京百奥智汇科技有限公司自正式发布以来，Xenium原位技术在各领域的应用已经在如火如荼展开。那么问题来了，既然Xenium原位分析具有高灵敏度、高分辨率、高通量等技术优势，相对于我们熟悉的甚至已经应用过的单细胞测序和空间转录组测序技术，Xenium原位分析到底能给我们的研究带来哪些新发现呢？接下来小编就通过两篇bioRxiv预印本文章为您解析Xenium原位分析技术的应用场景。案例1 单细胞、空间和原位分析联合绘制高分辨率乳腺癌微环境图谱研究概述乳腺癌是一种多病理类型的复杂疾病，每个亚型都具有独特的特征和显著的细胞和分子异质性。在本研究中，作者同时使用了单细胞测序（scFFPE-seq）、空间转录组测序（Visium）和原位分析（Xenium）这三种技术，对乳腺癌患者(II-B期，ER+/PR−/HER2+)乳腺活检的FFPE样本进行了分析，样本来源包括导管原位癌和浸润性导管癌。scFFPE-seq与Xenium联合高灵敏度解析了乳腺癌组织中的细胞组成，Visium与Xenium联合挖掘了感兴趣区域的完整转录组信息，三种技术联合分析，互相验证并彼此互补，揭示了完整的乳腺癌肿瘤微环境，促进了对导管原位癌（DCIS）肿瘤浸润的全面研究。研究路线图Xenium原位分析的贡献1. 与单细胞、空间转录组的结果整合并互相验证，得到了完整的乳腺癌异质性图谱；2. 由于Xenium技术的超高分辨率，帮助我们发现了一个传统病理学方法无法鉴定的三阳性（HER2+/ER+/PR+）区域，由于面积较小，在空间转录组数据中也容易被忽略；而在临床中，受体状态可用来帮助预测患者预后和选择治疗策略，因此这一发现是极具临床价值的。案例2 单细胞原位测序揭示多发性硬化病变的空间动态研究概述多发性硬化症（MS）是一种复杂的炎症和神经退行性脱髓鞘疾病，会影响中枢的各个解剖区域，深度解析MS病变的炎症和神经病理学的时空特征有助于了解其病因。该研究构建了实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，使用单细胞原位分析技术（ISS和Xenium），对对照组以及实验组不同时期（EAE高峰期（peak EAE）和EAE晚期（PSO））的不同组织部位（脑部（coronal brain，B），颈部脊髓（cervical spinal cord，C），胸部脊髓（thoracic spinal cord，T）和腰部脊髓（lumbar spinal cord，L））进行了检测，获得了MS病变过程中的时空图谱。研究证明了疾病相关（DA）胶质细胞是动态的，独立于病变形成之前被诱导。通过建立一个单细胞分辨率的小鼠和人类多发性硬化症神经病理学的空间资源，该研究揭示了MS疾病进化背后复杂的细胞动力学。研究路线图Xenium原位分析的贡献1. 与原位测序（ISS）技术联合分析，绘制了MS病变过程中的时空图谱；2. 亚细胞分辨率的Xenium原位分析技术，助力发现了一个未被组织学实验发现的非活动性病变区。小 结1. Xenium原位分析实验是非破坏性的实验过程，实验后的组织切片仍可进行免疫荧光染色/H&E染色，因此可实现一张切片同时检测基因表达与蛋白表达；2. Xenium原位分析技术具有亚细胞分辨率，可以帮助研究者发现传统组织学方法无法鉴定的病变区域；3. Xenium原位分析的高分辨率正好可以弥补单细胞测序、空间转录组测序技术的缺陷，三种技术联合使用可以获得更精准的疾病时空图谱，将成为未来研究的重要趋势。Xenium应用领域展望以上两篇具体案例已经证明了Xenium原位分析技术的强大和独特优势，因此，小编也对Xenium原位分析技术的应用领域进行了大胆展望，相信Xenium原位分析技术未来一定会成为各位老师科研工作中必不可少的强大工具。发布于 2023-09-26 11:07・IP 属地北京科研​赞同​​添加评论​分享​喜欢​收藏​申请

Mastering Biology to Advance Human Health - 10x Genomics

ering Biology to Advance Human Health - 10x GenomicsIntroducing Chromium Single Cell Gene Expression v4 and Single Cell Immune Profiling v3, powered by new GEM-X technology. Preorder nowProductsResourcesSupportCompanyView pricingSearchOpen MenuVisium HD Spatial Gene ExpressionEnter the HD eraWhat new worlds will you discover when you navigate your tissues in high definition? Pair the power of whole transcriptome spatial gene expression with single cell–scale resolution to discover the unique biology in every micron of tissue.Visium HD is hereSpeak to a specialistNew innovations to propel your researchThe next generation of single cell performanceOur new Chromium GEM-X technology enables up to 80% cell capture rates, 2x more genes detected, 2x higher throughput, and 2x lower multiplet rate.Meet GEM-XA new standard for Xenium cell segmentationConfidently assign transcripts to cells with precise multimodal segmentation and our advanced AI algorithm.Explore XeniumDiscover the whole transcriptome in high definitionThe spatial discovery power you want now with single cell-scale resolution and continuous tissue coverage.Discover Visium HDYour toolbox to resolve biology's complexitiesDissect cell-type differences, detect novel cell subtypes and biomarkers, define gene regulatory interactions, and decipher spatial gene expression patterns.Chromium Single CellOur single cell platform allows transcriptomic profiling of up to a million single cells with multiomic capabilities to reveal cellular diversity.Learn about ChromiumVisium SpatialOur spatial discovery platform enables whole transcriptome analysis of FFPE & fresh frozen tissue within morphological context.Learn about VisiumXenium In SituOur spatial imaging platform maps RNA molecules with subcellular resolution in tissue sections for a deeper look into cellular mechanisms & interactions.Learn about XeniumOur products empower impactful scienceWith over 7,100 publications using our products, join the community of scientists advancing their research with the aid of 10x Genomics.Browse publicationsSolutions to see biology in new waysSingle Cell Gene ExpressionMeasure gene activity on a cell-by-cell basis and characterize cell populations, cell types, and more.Learn moreSingle Cell Gene Expression FlexPerform sensitive whole transcriptome gene expression on fresh or fixed samples (including FFPE).Learn moreSingle Cell Multiome ATAC + Gene ExpressionMeasure gene expression and open chromatin simultaneously from the same cell, across thousands of cells.Learn moreSingle Cell Immune ProfilingMeasure the activity of immune cells and their targets.Learn moreHD Spatial Gene ExpressionPerform sequencing-based spatial transcriptomics at single cell scale with continuous tissue coverage.Learn moreIn Situ Gene ExpressionSpatially map gene expression at subcellular resolution with an imaging-based readout.Learn moreCompare productsGet started todaySpeak to a specialistAboutCompanyInvestorsCareersContactResourcesDatasetsPublicationsSupport DocumentationAnalysis GuidesVideosBlogChromium Single CellPlatform OverviewGene Expression FlexGene ExpressionSingle Cell Immune ProfilingMultiome ATAC + Gene ExpressionSingle Cell ATACNuclei IsolationCRISPR ScreeningMultiomic CytometryBarcode Enabled Antigen MappingChromium X/iXChromium ConnectChromium AnalysisCloud AnalysisVisium SpatialPlatform OverviewVisium AnalysisHD Spatial Gene ExpressionSpatial Gene ExpressionSpatial Gene + Protein ExpressionCytAssistXenium In SituPlatform OverviewXenium AnalysisIn Situ Gene Expression PanelsXenium AnalyzerLegal NoticesPrivacy PolicyTerms of UseEmail PreferencesOther Legal NoticesContact us[email protected]+1 925 401 7300Sign up for product and event updatesSubscribeFollow us on social mediaEnglish中文日本語© 2024 10x Genomics. All Rights Reserved.

Xenium - 10x Genomics

Xenium - 10x Genomics

src="https://www.googletagmanager.com/ns.html?id=GTM-MCFL6HQ"

height="0"

width="0"

style="display: none; visibility: hidden"

>

>HomeCustomer spotlight Contact us Combine the power of single cell and spatial to make the impossible, possible. That’s Xenium potential. Introducing Xenium In Situ. Our newest platform enables high-throughput subcellular mapping of 100s to 1,000s of RNA targets in addition to multiplexed protein on tissue slides. Welcome to the new age of in situ Streamline going from tissue section to data, with an automated analyzer, curated and/or custom panels, and intuitive data analysis and visualization software. Visualize millions of single cells per week in tissue context.Visualize millions of single cells per week in tissue context.See how context impacts gene expression in situ.Get access to exploration-ready data the moment your run is done.Zoom in to single molecules in single cells. Zoom out to whole tissue maps.The Xenium platform has a robust roadmap to enhance the core platform with more capabilities and analytes. Future developments will include higher plex panels, simultaneous RNA and protein detection, additional segmentation modes, higher throughput, and more.Shining a spotlight on Xenium XplorersDiscover the incredible breakthroughs Xenium users are making.Learn moreThe story of XeniumDiscover how and why the team behind Xenium designed the most advanced end-to-end high-plex in situ platform on the market.The science of XeniumGet a glimpse of the powerful chemistry that enables Xenium to deliver high quality single cell spatial data.The story of XeniumThe science of Xenium01/0Digging deeper into AD pathologyExplore how Xenium In Situ enabled us to characterize the impact of amyloid plaques on hundreds of transcripts in single cells with spatial context–and imagine what subcellular spatial multiomics could mean for your own work.Download app note Your browser does not support the video tag. Seeing is believingExperience the power of Xenium firsthand by interactively exploring a 300+ gene human breast cancer dataset with this Xenium Explorer web demo. Visualize and identify tissue macrostructures, differentially expressed transcripts, and beyond.Demo Xenium dataReady to learn more?Fill out this form to be contacted by a Xenium specialist. We're sorry-- Something went wrong and your information could not be sent. Please contact customer support at +1 800 709 1208. We're sorry-- Something went wrong loading the form. Please contact customer support at +1 800 709 1208.

Xenium空间原位分析高端局—从文献解析到研究思路大揭秘 - 知乎

Xenium空间原位分析高端局—从文献解析到研究思路大揭秘 - 知乎切换模式写文章登录/注册Xenium空间原位分析高端局—从文献解析到研究思路大揭秘生物百科大全生物技术老专家今天小编就对Xenium技术首发的文献案例进行详细解析，并以此总结拓展相关的研究思路，期望能给到大家参考和启发。今天要分享的是10x Genomics团队于2022年10月发表的首篇Xenium空间原位分析应用的bioRxiv预印本文章，文章标题：High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue.研究背景乳腺癌具有高度异质性，临床上通常根据受体类型(例如，HER2+/ER+/PR+)以及侵袭和增殖程度对乳腺癌进行肿瘤分型，但这种分类不足以描述样本中的异质性。导管原位癌（DCIS）是一种非浸润性乳腺癌，是局限在导管内的肿瘤上皮细胞，并没有扩散到导管的周围。当导管形态被破坏，癌细胞侵入间质时，DCIS可能进展成预后差的浸润性导管癌。哪些DCIS会成为浸润性乳腺癌，哪些不会？目前的研究尚不明确。研究思路乳腺癌块来自乳腺癌患者(II-B期，ER+/PR−/HER2+)乳腺活检的FFPE样本，其中包括导管原位癌和浸润性导管癌。用FFPE样本的连续切片进行单细胞转录组测序（scFFPE）、空间转录组测序（Visium）和原位分析（Xenium）。这里使用Xum Human Breast Panel的280个基因和33个附加基因（共313个）作为靶基因，通过Xenium技术对这些靶基因进行亚细胞水平的空间原位检测。然后对三种技术检测到的数据进行比较与联合分析，进而高灵敏度，高特异性，高分辨率地解析了乳腺癌肿瘤的异质性。研究结果1. scFFPE+Xenium联合高灵敏度解析乳腺癌组织中的细胞组成首先对scFFPE-seq数据进行非监督聚类和细胞注释，鉴定到淋巴细胞、巨噬细胞、内皮细胞、DCIS1、DCIS2和侵袭性肿瘤细胞等17种细胞亚群。然后对Xenium数据进行分析，发现了与scFFPE-seq一致的细胞类群。此外，与scFFPE-seq相比，Xenium能够获得更多的细胞数量，因此细胞类群的密度要高很多。总之，该部分结果说明了Xenium技术能够解析复杂组织中的细胞组成。接下来，作者使用scFFPE-seq数据确定Xenium数据中三个感兴趣区(ROI)：DCIS#1、DCIS#2和invasive 的细胞组成和比例的差异。结果发现ACTA2+肌上皮细胞在DCIS#2 ROI中富集，在DCIS#1 ROI中较少，在invasive ROI中缺失。而且DCIS#2 ROI比DCIS#1 ROI含有更多侵袭性肿瘤细胞，KRT15+肌上皮细胞也更多，提示DCIS#2 ROI比DCIS#1 ROI更具侵袭性。最后，作者探究了七种主要细胞类型的marker基因在这三个区域的表达差异。结果发现，在DCIS#1 ROI中肿瘤细胞标记基因MZB1特异性高表达，DCIS#2 ROI显著高表达基质细胞的标记基因GJB2，invasive ROI中缺少巨噬细胞标记基因MMP12的表达。2. Visium+Xenium联合挖掘感兴趣区域的完整转录组信息在临床上，乳腺癌根据雌激素受体(ER/ESR1)、孕激素受体(PR/PGR)和人类表皮生长因子受体2(HER2/ERBB2)的表达进行亚型分类，并根据肿瘤分型结果制定治疗策略。该研究中使用的组织样本被注释为HER2+/ER+/PR−。Xenium数据显示组织切片的大部分区域同时表达ERBB2和ESR1转录本（HER2/ER双阳性），或只表达ERBB2转录本（HER2阳性）。然而，在脂肪细胞区域内有一个很小的DCIS区域，显示出ERBB2、ESR1和PGR转录本的三阳性表达（HER2+/ER+/PR+）。在Visium数据中，这个区域只有5-6个spot，因为太少这个区域很容易被忽视。为了从这个三阳性区域获得完整的转录组信息，作者通过插值法可视化了这个三阳性区域内的细胞类型比例。然后对这6个spot与其它spot进行了全转录组差异表达分析，筛选到94个差异表达基因。3. Xenium+H&E染色/免疫荧光染色Xenium原位分析的另一个强大优势在于它的流程是非破坏性的，能够在运行后对同一组织切片进行H&E染色或免疫荧光染色。这一就能获得同一张组织切片的组织病理学、蛋白表达和基因表达数据，有助于更全面地了解样本的生物学特征。研究结论该文章同时用scFFPE-seq、Visium和Xenium三种技术对一个乳腺癌FFPE 样本连续切片进行检测。作者首先是说明了三种技术的各自优势，尤其强调了Xenium技术的稳定性，高特异性，高灵敏度及高分辨率。然后三种数据联合分析，相互印证补充彼此的分析结果，展示出了三种技术的高度互补性。最终三种技术协同作用，共同解析了乳腺癌肿瘤微环境，揭示了细胞异质性，促进了对导管原位癌（DCIS）肿瘤浸润的全面研究。小编有话说这篇文章同时用到单细胞转录组、空间转录组、Xenium原位分析三种技术，通过技术间的比较突出了Xenium技术的高灵敏度，高分辨率。通过联合分析说明了三种技术结合的强势互补，能够更深入，更精准地解析肿瘤微环境的异质性。Xenium原位分析+空转+单细胞研究可以说是技术的顶级配置了，除了贵，没毛病！但是，不考虑价格的产品经理不是好销售。下面我们就来分享更多的Xenium技术应用研究思路，总有一款适合你！（1）Xenium原位分析+单细胞转录组+空间转录组联合分析：同时探究复杂组织的细胞组成及空间位置信息，挖掘特定细胞群和感兴趣区域的全转录组信息。尤其适用于对多细胞类型近距离共存区域的细胞类型进行精确定位。（2）Xenium原位原位+单细胞转录组联合分析：先通过单细胞数据解析复杂组织的细胞组成及占比，筛选目标细胞群、目标基因及相关的功能通路，然后利用Xenium原位分析高灵敏度，高特异性地探究各个细胞群和目标基因的空间定位及表达特征。尤其适用于特定生理病理结构区域的细胞组成及细胞间互作研究；（3）Xenium原位分析+空间转录组联合分析：高空间分辨率地解析复杂组织中细胞及基因的空间位置信息，尤其适用于解锁特定生理病理结构区域的全转录组信息；（4）Xenium独立分析：探究关注基因集（panel）的空间表达特征，解析复杂组织中细胞组成及细胞间的互作，研究特定生理病理结构区域下关注基因的表达信息。尤其适用于有复杂生理病理结构的组织（如脑组织、肿瘤组织等）研究。这里需要强调的是Xenium原位分析要先挑选关注的靶基因（panel），进而精准地探究靶基因的空间定位及表达特征。没有关注的靶基因？不知道靶基因该如何挑选？联系我们，一起来个“私人定制”！发布于 2024-01-08 11:24・IP 属地上海学习分析learning analytics​赞同 1​​添加评论​分享​喜欢​收藏​申请

Xenium 智能手机 CTS701RD/93 | Philips -飞利浦

Xenium 智能手机 CTS701RD/93 | Philips -飞利浦 产品 主菜单 产品 视听产品 主菜单 视听产品 电视、显示器和视频 视听产品 电视、显示器和视频 电视 显示器 投影仪 媒体播放机 Wi-Fi 和连接 音频 视听产品 音频 家庭音响 平板家庭影院 耳机 无线扬声器 派对扬声器 录音机 通信 视听产品 通信 手机和平板电脑 返回 手机和平板电脑 手机 平板电脑 所有 手机和平板电脑 有线电话 传真机 附件 视听产品 附件 线缆和连接性 电源解决方案 手机附件 电脑附件 个人护理 主菜单 个人护理 男士专用 个人护理 男士专用 面部剃须刀 面部造型器和理容套件 理发器 美体护理器 面部肌肤 附件和替换件 剃须刀品牌故事 OneBlade 小T刀 女士专用 个人护理 女士专用 肌肤护理 脱毛 美发护发 口腔护理 个人护理 口腔护理 电动牙刷 牙刷头 电动水牙线 喷气式洁牙器 清新口气 选购帮助 光照护理 个人护理 光照护理 光照护理 母婴护理 主菜单 母婴护理 母乳喂养 母婴护理 母乳喂养 吸乳器和护理 温奶器和消毒锅 新安怡品牌介绍 奶瓶奶嘴 母婴护理 奶瓶奶嘴 婴儿奶瓶和奶嘴 安抚奶嘴 入门套装及婴儿礼盒套装 其他 母婴护理 其他 婴儿辅食机和餐具 肌肤护理 啜饮杯 出行用品 母婴护理 出行用品 婴儿车 儿童安全座椅 厨房及家居 主菜单 厨房及家居 饮品 厨房及家居 饮品 咖啡 厨房电器 厨房及家居 厨房电器 空气炸锅 空气蒸锅 电饭煲 压力锅 破壁机 手持式搅拌机 面条机 烹饪 食品料理家电 烹饪配件 烤面包机 电水壶 榨汁机 衣物护理 厨房及家居 衣物护理 电熨斗和挂烫机 智能晾衣架 地面清洁 厨房及家居 地面清洁 吸尘和湿拖 水处理 厨房及家居 水处理 饮水解决方案 热水解决方案 浴室设施 空气处理 厨房及家居 空气处理 空气净化器和空气加湿器 空调扇和取暖器 空气净化器介绍 空调扇和冷风扇 空调 智能安防 厨房及家居 智能安防 智能门锁 电子保险柜 照明 主菜单 照明 飞利浦 Hue 智能照明 照明 飞利浦 Hue 智能照明 飞利浦 Hue 智能照明 家居照明 照明 家居照明 家居照明 健康 主菜单 健康 睡眠呼吸 健康 睡眠呼吸 睡眠和呼吸护理 睡眠呼吸整体解决方案 睡眠治疗产品 家庭无创通气治疗 制氧机 雾化治疗 听力解决方案 健康 听力解决方案 了解听力和听力损失 飞利浦助听器 运动和按摩 健康 运动和按摩 个人按摩器 汽车 主菜单 汽车 汽车 汽车 汽车 车灯 卤素灯 氙气灯 LED灯 所有 车灯 摩托车 汽车 摩托车 摩托车灯 所有 摩托车灯 配件 汽车 配件 汽车空气质量 胎压监测 车载音响 汽车行车记录仪 车载冰箱 联系飞利浦 汽车 联系飞利浦 汽车支持 商店定位器 关于我们 汽车 关于我们 飞利浦汽车照明 附件 主菜单 附件 个人护理产品附件 附件 个人护理产品附件 剃须刀附件 个人护理附件 母婴护理产品附件 附件 母婴护理产品附件 母婴护理产品附件 厨房家居产品附件 附件 厨房家居产品附件 家居产品附件 咖啡产品附件和部件 专业类产品 主菜单 专业类产品 医疗保健 专业照明 官方商城 售后服务 主菜单 售后服务 帮助中心 售后网点 官方授权网店 购买附件 飞利浦应用下载 联系我们 会员中心 新闻中心 关于飞利浦 主菜单 关于飞利浦 公司概况 设计 研发 可持续发展 新闻中心 投资人关系 招贤纳士 图标支持搜索 搜索词 您需要什么产品？ 手机和平板电脑 手机 Xenium 智能手机 Xenium 智能手机 CTS701RD/93 -{discount-value} 图像 Xenium 智能手机 CTS701RD/93 Always in-touch 飞利浦 Xenium S701 配备 1300 万像素 + 30 万像素主摄和 500 万像素前置摄像头，让您的每一刻都充满炫彩欢乐。内置 6.517 英寸 18:9 IPS HD+ 显示屏和 4700mAh 电池，为您提供出色的质量和卓越的用户体验 查看所有优势 本产品符合增值税减免条件 如果您享有医疗设备增值税减免的资格，您可以申请此产品的增值税减免。增值税金额将从上方显示的价格中扣除。您可以在购物篮中查找完整的详细信息。 Xenium 智能手机 Always in-touch 飞利浦 Xenium S701 配备 1300 万像素 + 30 万像素主摄和 500 万像素前置摄像头，让您的每一刻都充满炫彩欢乐。内置 6.517 英寸 18:9 IPS HD+ 显示屏和 4700mAh 电池，为您提供出色的质量和卓越的用户体验 查看所有优势 Always in-touch 飞利浦 Xenium S701 配备 1300 万像素 + 30 万像素主摄和 500 万像素前置摄像头，让您的每一刻都充满炫彩欢乐。内置 6.517 英寸 18:9 IPS HD+ 显示屏和 4700mAh 电池，为您提供出色的质量和卓越的用户体验 查看所有优势 本产品符合增值税减免条件 如果您享有医疗设备增值税减免的资格，您可以申请此产品的增值税减免。增值税金额将从上方显示的价格中扣除。您可以在购物篮中查找完整的详细信息。 Xenium 智能手机 Always in-touch 飞利浦 Xenium S701 配备 1300 万像素 + 30 万像素主摄和 500 万像素前置摄像头，让您的每一刻都充满炫彩欢乐。内置 6.517 英寸 18:9 IPS HD+ 显示屏和 4700mAh 电池，为您提供出色的质量和卓越的用户体验 查看所有优势 相似产品 See all 手机 Always in-touch Xenium S701 绚丽红 LTE/WCDMA/TD-SCDMA/CDMA/GSM 双 SIM 卡，2 组联系人列表 使用 2 个手机号码，将不同联系人分成两组，让生活更有条理。双 SIM 卡功能让您无需再随身携带 2 部手机。 1300 万像素和 30 万像素双摄像头 得益于 1300 万像素和 30 万像素双摄像头提供的丰富细节和准确的环境深度，这款手机可以通过先进的算法美化照片，令人心驰神往。 极致的 4700 mAh 内置电池 飞利浦手机配备出色的 4700mAh 内置电池，确保您在外出时能够持久连接，不中断。非同凡响的电池性能，让您绝无错过职场和私人的重要来电的烦恼。得益于手机一流的电池技术，充电一次即可让您在满意地处理好工作和家庭事务之后，还可以享受卓越的游戏并上网冲浪。 6.517 英寸 LCD 屏幕 在 6.517 英寸 LCD 显示屏上投影您喜爱的照片、视频，以 19:9 屏幕比例呈现明亮丰富的色彩和出色的视觉显示，带给您身临其境般的观看体验。 显示全部功能 显示更少功能 显示全部产品功能 显示较少产品功能 技术规格 图片/显示 屏幕对角线尺寸（英寸） 6.517

 英寸 存储介质 内存 (RAM) 4 GB 内存 (ROM) 32 GB 存储卡最大容量 128

 GB 用户内存 0 网络功能 4G TD-LTE 1900(B39) 2300(B40) 2600(B38) 2600(B41) 4G FDD-LTE 1800(B3) 2100(B1) 900(B8) 850(B5) TD-SCDMA 频段 B34 B39 WCDMA 频段 1900MHz 2100MHz CDMA 频段 800 MHz EDGE 是 3G CDMA2000 EVDO TD-SCDMA WCDMA GSM 频段 1800

 MHz 功率 电池容量 4700 mAh 尺寸 手机颜色 绚丽红 手机尺寸 165.5*76.5*9.55 毫米 手机重量 116 克 附件 标准包装包括 用户手册 查看所有规格 查看更少的规格 包装盒内物品： 包装盒中的其他物品 用户手册 显示全部技术规格 显示较少技术规格 获取此产品的支持 查找常见问题、故障诊断、用户手册和提示 推荐产品 最近查看的产品 所示规格均根据电池首次完全充电后在实验室测试的结果得出。实际性能视网络服务提供商和使用情况而定。 部分功能需要您的网络供应商配合支持。 所有视觉画面仅供参考。手机颜色和屏幕截图等产品实际功能可能与示例图有所不同。 最终用户实际可用内存可能因不同市场的预配置情况而异。 联系我们 相关问题 手机? 更多联系客服的方式 连接至飞利浦 选择国家或地区/语言 中国 - 中文 选择站点 中国 消费类产品 医疗科技 专业照明 关于飞利浦 招贤纳士 联系飞利浦 Philips 隐私权声明 Cookie 政策 使用条款 产品安全 沪ICP备09062110-2号 沪公网安备31010602001824号 © Koninklijke Philips N.V.，2004 - 2024。保留所有权利。 最好通过最新版的 Microsoft Edge、Google Chrome 或 Firefox 查看我们的网站。

Xenium 组织空间原位分析技术-欧易生物

Xenium 组织空间原位分析技术-欧易生物

首页

科研服务

欧易云

关于我们

联系我们

单细胞测序

单细胞转录组测序

空间转录组测序

Xenium 组织空间原位分析技术

FLEX单细胞转录组测序

单细胞免疫组库（VDJ）

单细胞多模态（ATAC+转录组）

单细胞样本制备试剂盒

酵母文库

泛素E3文库筛选

膜体系文库构建

核体系文库构建

转录因子文库筛选

酵母文库筛选

筛库配套试剂

转录组学

Small RNA测序

真核生物转录组测序

全转录组测序

基因组学

基因组重测序

全外显子组测序（WES）

低深度重测序（LcWGS）

微生物组学

2bRAD-M®简化微生物组「独家」

微生物多样性测序

宏基因组测序

细菌基因组 de novo 测序

表观组学

illumina 935K甲基化芯片检测

CUT&Tag测序

蛋白质组学

Deep高深度血液蛋白质组学「力荐」

标记定量蛋白质组学

超微量蛋白质组学

DIA定量蛋白组质组学「力荐」

修饰蛋白质组学

PRM靶向蛋白质组学

LC-MSMS蛋白质谱鉴定

代谢组学

LC-MS全谱代谢组学「力荐」

双平台全谱代谢组学「力荐」

广泛靶向代谢组学

精准靶向代谢组学

GC-MS全谱代谢组学

脂质代谢组学

空间代谢组学

空间代谢组学

中药组学

中药活性成分鉴定

中药入血/入靶成分分析

中药非靶向代谢组

中药空间代谢组学

中药药代动力学

中药系统药理学研究策略

多组学服务

多组学联合分析

合作服务平台

RACS-Seq 单细胞拉曼分选-测序耦合系统

细胞服务平台

走进欧易

企业文化

加入欧易

新闻中心

客户合作文献

代谢组学

蛋白组学

微生物测序

酵母文库

单细胞测序

首页

科研服务

单细胞测序

FLEX单细胞转录组测序

Xenium 组织空间原位分析技术

单细胞样本制备试剂盒

单细胞免疫组库（VDJ）

单细胞多模态（ATAC+转录组）

空间转录组测序

单细胞转录组测序

酵母文库

筛库配套试剂

酵母文库筛选

转录因子文库筛选

膜体系文库构建

核体系文库构建

泛素E3文库筛选

转录组学

Small RNA测序

全转录组测序

真核生物转录组测序

基因组学

全外显子组测序（WES）

基因组重测序

低深度重测序（LcWGS）

微生物组学

2bRAD-M®简化微生物组「独家」

细菌基因组 de novo 测序

宏基因组测序

微生物多样性测序

表观组学

illumina 935K甲基化芯片检测

CUT&Tag测序

蛋白质组学

DIA定量蛋白组质组学「力荐」

修饰蛋白质组学

Deep高深度血液蛋白质组学「力荐」

标记定量蛋白质组学

LC-MSMS蛋白质谱鉴定

PRM靶向蛋白质组学

超微量蛋白质组学

代谢组学

LC-MS全谱代谢组学「力荐」

脂质代谢组学

GC-MS全谱代谢组学

广泛靶向代谢组学

双平台全谱代谢组学「力荐」

精准靶向代谢组学

空间代谢组学

空间代谢组学

中药组学

中药活性成分鉴定

中药系统药理学研究策略

中药药代动力学

中药空间代谢组学

中药非靶向代谢组

中药入血/入靶成分分析

多组学服务

多组学联合分析

合作服务平台

RACS-Seq 单细胞拉曼分选-测序耦合系统

细胞服务平台

欧易云

关于我们

联系我们

联系方式

Xenium 组织空间原位分析技术

产品介绍

10x Genomics Xenium组织空间原位分析技术空间组学技术能够获取组织切片上不同位置细胞中的转录组数据，解析转录本在组织的不同空间位置的表达特征。目前10x Genomics的Visium技术是较为主流的商业化空间转录组技术，其发文量也最多。但是 Visium技术的局限性在于检测分辨率不是真正意义上的单细胞水平，而是检测芯片上单个spot（55um，通常包含5-10个细胞）中的基因表达的信息。随着研究热度的持续高涨，针对空间组学研究的技术和仪器近年来也在不断推陈出新，这进一步促进了研究的发展。欧易生物持续关注最前沿技术进展，在此重磅推出空间组学研究最新解决方案——Xenium单细胞/亚细胞空间原位分析技术！与Visium相比，该技术在很大程度上提高了空间上的分辨率，能够原位捕获RNA及蛋白分子在单细胞/亚细胞水平的表达信息。

技术优势高灵敏性、高特异性：独特的挂锁式探针设计，增强了检测的灵敏性和特异性高分辨率：结合原位显微成像的方法，实现亚细胞水平的原位基因表达分析，大大提高了空间组学分辨率高通量：Xenium载玻片的成像区域大小为12mm x 24mm，一次上机可并行检测两张玻片；满足横截面较大组织研究需求的同时，也可以在一张玻片上检测多张组织切片（2-3张）高灵活性：多种预制Panel可选，也可添加定制1-100个靶基因，满足特定研究的个性化需求高样本兼容性：能够识别短或高度降解的转录本，可兼容新鲜冷冻样本(FF)，福尔马林固定石蜡包埋样本(FFPE)及组织矩阵样品(TMA)等各类常见临床转化样品类型非破坏性：Xenium的非破坏性分析能够在运行后保持组织形态完整性，可在同一张新鲜冷冻或FFPE切片上获得RNA、IF和形态学（H&E）信息，与组织病理学研究无缝整合

技术比较10x visium10x xenium技术原理结合显微HE成像和测序技术，基于polyA捕获mRNA原位显微成像，基于带有荧光序列的探针捕获mRNA检测基因数不需要先验知识可以进行无偏的转录本检测（~2万）检测靶RNA的信息（~500）分辨率空间分辨率是100微米，不能达到单细胞的水平光学分辨率是 0.2 微米，分辨率可以精确到单个细胞水平组织兼容都兼容新鲜冷冻组织（FF）和石蜡包埋组织（FFPE）是否需要单细胞数据需要结合单细胞（提供单细胞分辨率）建议结合单细胞（提供基因检测通量）

样本要求样本类型样本准备（仅限人和小鼠样本）运送条件石蜡块常规石蜡包埋方法，保存年限不超过5年，固定时长不超过24小时务必固定在石蜡的包埋盒内，多个石蜡块为防止相互磕碰，需要独立包装，可采用气泡膜、锡纸、玻片盒等保护方式，最终放入一大塑料袋中统一冰袋寄送OCT冰冻包埋样本同空间转录组新鲜冰冻样本的包埋方式，采用干冰速冻埋没在干冰中，干冰量根据每天   4 公斤来计算，使用厚实的泡沫箱寄送小贴士：正式实验前我们会通过RNA抽提，切片HE染色确认样本质量。（详见Xenium 组织空间原位分析技术  样本准备指南）

立即咨询

特色服务

单细胞转录组测序

空间转录组测序

空间代谢组学

2bRAD-M®简化微生物组「独家」

DIA定量蛋白组质组学「力荐」

关于我们

走进欧易

企业文化

加入欧易

新闻中心

客户合作文献

联系我们

 

服务热线：400-808-5350

联系邮箱：market@oebiotech.com

公司地址：上海市闵行区浦江镇联航路1188号25号楼

Shanghai OE Biotech Co., Ltd

首页

联系我们

联系方式

关于我们

欧易云

科研服务

合作服务平台

多组学服务

中药组学

空间代谢组学

代谢组学

蛋白质组学

表观组学

微生物组学

基因组学

转录组学

酵母文库

单细胞测序

Copyright © 2020-2024  欧易生物 保留所有权利  沪ICP备16017850号

在线留言网站地图法律声明

021-34781616

电话咨询

在线咨询

被科学界评为颠覆性创新，这一技术究竟能带来多大市场增量？|Xenium|空间组学|分辨率|亚细胞|增量|-健康界

被科学界评为颠覆性创新，这一技术究竟能带来多大市场增量？|Xenium|空间组学|分辨率|亚细胞|增量|-健康界

首页

快讯

关注

资讯

健康

科技

热点

视频

产业

政策

护理

投资

医改

养老

疫情

人物

医保

疾病

管理

English

临床

心血管

肿瘤

内分泌

妇儿

感染

专题

专区

知识

首页

快讯

关注

资讯

健康

科技

热点

视频

产业

政策

护理

投资

医改

养老

海外

人物

保险

疾病

管理

English

临床

心血管

专题

专区

智库

知识

北斗学苑

评选

第七季中国医院管理奖

第八季全国医院擂台赛

第三届金如意奖评选

第五届全国县市医院擂台赛

党建业务融合案例

肿瘤患者就医体验提升评选

中国研究型医院评价遴选

2022医联体建设征集

更多

会议

排行

全球医疗

健康界APP

欢迎登录体验更多功能

您还未登录

登录后即可体验更多功能

立即登录

文章收藏

资源下载

评论互动

积分好礼

发布文章

发布课程

我的消息

账号设置

退出登录

搜索

被科学界评为颠覆性创新，这一技术究竟能带来多大市场增量？

2023

09/01

+

分享

手机扫码，一键分享给微信好友

评论

动脉网

A-

A+

全球空间组学市场处于发展前期，国内企业还有机会从科研市场中杀出一条血路，为后续的临床应用场景奠定基础。

在这个用文字包装创新的时代，真正的创新从哪里去寻？纵观整个科学技术发展史，最硬核的技术创新几乎都来自于科研实验室。而基于创新技术推出的新产品，往往能开辟出一个新的市场，并改变人们的生活。如我们身边的互联网就来自于欧洲核子物理实验室。在“投早、投小、投创新”的投资人眼里，当前的市场上暗藏许多“伪创新”。为了寻觅到真正的创新项目、发掘具有价值的创新技术，越来越多的投资人把目光投向了上游，投向了科研实验室。聚焦科技最前沿，投资人们挖掘到了一系列具有颠覆性的项目以及革命性的创新技术，如空间组学。2022年，国际顶级学术期刊《Nature》将空间组学技术评为年度七大颠覆性技术；2023年，世界经济论坛发布《2023年十大新兴技术报告》，空间组学与柔性电池、生成式人工智能、可持续航空燃料等人们熟知的创新技术共同上榜。不仅是投资人，产业界也一同看好空间组学。根据DeciBio和摩根大通的市场报告，空间组学在2022年的全球市场空间可达150亿美元。行业方面，罗氏诊断、丹纳赫等全球性巨头、单细胞测序领域头部企业10x Genomics等均在布局空间组学，且空间组学行业近两年的收购和融资金额已累计超过10亿美元。空间组学是什么？为什么能被评为颠覆性技术？其将带来多大的蓝海市场？请看下文。空间组学，探查人体最核心秘密的新武器空间组学是生命科学领域的新技术，能够将分子机制与组织原位关联，观察到组织中不同区域细胞构成和原始基因表达，揭示组学信息的空间异质性，帮助解析细胞间的相互作用，使科研工作者进一步理解组织微环境和组织的生长。通俗来说，空间多组学技术主要通过对组织微环境中不同类型细胞的核酸或蛋白进行标记，以获取复杂细胞表型、细胞功能状态以及细胞与组织微环境空间结构关系，实现生物标志物可视化并建立相应数据分析模型。空间组学产生的数据信息对肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、神经科学、病理研究等有巨大帮助。以肿瘤研究为例，肿瘤病灶的高维单细胞数据可以揭示决定样本生物差异的转录模式以及差异背后的基因。这些信息能够为科研工作者提供线索，帮助其了解样本中正常细胞和癌细胞之间的状态转换。以这些模式为镜头，可评估其他转录数据集，包括在肿瘤不同阶段采集的数据集，并为预测癌变和治疗干预提供途径。以往，生命科学领域研究者使用bulk测序，能够快速获取特定细胞或组织在特定情况下的信息。但是，bulk测序是将样本混匀测序，得到的信息是所有细胞混匀后的平均值，而不同类别的细胞存在较大异质性，平均的表达量隐藏了细胞个体间的差异，丢失了细胞和组织的异质性。之后，单细胞组学技术出现，使研究者可以测量单个细胞的遗传学、转录组学、表观遗传学和蛋白质组学等全部信息，揭示细胞和组织的异质性。不过，单细胞组学技术无法捕捉细胞的空间信息，不能揭示细胞间通讯的局部网络，使得样本从原始环境中剥离，丢失部分关键信息。在生物学领域，空间信息至关重要，空间会影响细胞的表型、状态和功能。例如，人体内的一个细胞相对于周围其他细胞的位置决定了它能接收到什么信号。这些信号可能是细胞间相互作用、可溶的信使分子或是治疗分子。当人体内的细胞间相互作用受到破坏时，会引发重大疾病。因此，科研工作者在研究人体发育和疾病背后的生物机制时，需要仔细评估某个细胞的环境如何影响其功能或功能失调。正因为空间信息的重要性，此前有大量科学家使用不同的技术、仪器对生物分子进行空间解析。可惜的是，传统的技术方法只能在低分辨率下捕获有限目标，价值感不强。努力是有价值的。在科学家们的不断改进下，能够提供组织和细胞之间空间关系信息的空间组学终于在2016年爆发，相关技术和各类配套仪器井喷式发展。空间组学由于可以帮助研究者深入理解生物体内复杂的细胞相互作用、信号通路、调控机制等生物学问题，更是在近两年被看作生命科学领域的下一个风口。如今，空间组学被应用于生命科学领域基础研究、转化研究、病理研究、新药研发等诸多科研场景。同时，空间组学可以在组织样本上检测目标分子特征，将有望革新病理学技术，应用于临床诊断、精准诊疗等更广阔的场景。有投资人表示：“空间组学是创新组学工具中关注度最高的赛道之一，潜在市场空间大、技术壁垒高，在全球范围内增长快速，有望在未来几年迎来从科研市场向临床市场转化的关键拐点。”根据DeciBio和摩根大通的市场报告，空间组学在2022年的全球市场空间可达150亿美元。预计空间组学在未来几年应用于临床市场后，其空间将呈爆炸式增长。或许是基于空间组学的市场颠覆性及未来成长性，元禾原点、杏泽资本、险峰旗云、真格基金、龙磐投资、前海长城基金等诸多投资机构齐齐在2023年押注这一领域，赛陆医疗、德运康瑞、源星智造、格物致和等布局空间组学的创新企业均于被称为资本寒冬期的上半年完成新一轮融资。疯狂收购，只为领先布局随着空间组学的潜力逐渐显露，各大全球性龙头及创新企业均开始布局空间组学。其中，单细胞测序行业龙头10x Genomics表现得最为急迫，其于2018年收购了空间基因组学领域领先企业Spatial Tranomics，又于2020年以3.5亿美元的现金和股票收购空间多组学平台ReadCoor、以4120万美元收购原位RNA分析技术开发商Cartana，强势入局空间组学赛道。或许是感觉到机遇难得，全球生命科学试剂龙头Bio-Techne也选择以收购的方式快速布局。2023年4月，Bio-Techne先是与自动化空间生物学解决方案开发商Lunaphore达成战略合作，利用Lunaphore的仪器产品、抗体面板以及Bio-Techne自身的RNAscope HiPlex技术，合作开发自动化空间多组学工作流程。Bio-Techne预计，该工作流程将实现在同一载玻片上以单细胞分辨率对蛋白质和RNA生物标记物同时进行超复合检测。在战略合作2个月后（2023年6月），Bio-Techne直接将Lunaphore收购，以加快其空间组学布局。除了10x Genomics与Bio-Techne，目前还有罗氏诊断、丹纳赫、华大智造、Nanostring、AKOYA Bioscience等知名企业及Vizgen、格物致和、赛陆医疗、德运康瑞、菲诺维康、源星智造等创新企业也在布局空间组学。出货量增长强劲，空间组学市场即将爆发截至目前，市场上出现了多种差异化的空间组学技术。其中，10x Genomics、Nanostring、华大智造、Vizgen等企业的技术平台备受行业关注。10x Genomics最新推出Xenium组织原位分析平台10x Genomics作为最早重押空间组学的企业之一，于2022年底推出了新的空间组学技术平台——Xenium组织原位分析平台。该平台包含Xenium分析仪、试剂耗材和分析软件，可将单分子RNA和蛋白检测的功能与光学元件、数据采集和解码技术结合，能够实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析。据介绍，Xenium组织原位分析平台是在此前收购的ReadCoor和Cartana基础之上做出大量优化后的新平台，可以兼容新鲜冷冻(FF)组织、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织等多种样品类型，具有起始样本灵活的优势。同时，Xenium平台还具有超大通量、应用可拓展、全面数据分析等优势。具体来说，在通量上，Xenium平台载玻片的成像区域是12mm×24mm,且每次试验时可将两张载玻片同时放入分析仪内，仪器运行约需要两天时间。在应用方面，Xenium平台的靶向panel可针对不同组织类型和应用进行拓展。目前，10x Genomics可以实现400个RNA转录本的检测，预计未来将实现1000个分析物的同时检测。另外，10x Genomics还可人工定制Panel，客户可在其商业化panel的基础上再定制100个基因。在数据分析方面，10x Genomics提供的分析软件具有强大且全面的功能，可用于数据分析和再分析，以及数据可视化分析。另外，Xenium技术可与单细胞和空间发现技术结合，带来更高的原位分辨率。凭借Xenium技术的原位空间高分辨率特性，其将帮助科研工作者更深入地了解肿瘤微环境、细胞特异性、生物发育等方面。有业内人士评价道：“这种更具靶向性的分析特别适合基于单细胞测序或无偏倚的空间转录组研究之后鉴定出感兴趣的目标基因再进行深入研究。”从财务上看，10x Genomics在2023年第二季度营收1.468亿美元，较去年同期同比增长28%。其中一个重要原因是Xenium平台的出货量增长强劲，且多个新策划和可定制的基因面板，以及对板载软件的重大更新，加速了Xenium的发展势头。Vizgen的MERSCOPE平台第100台安装空间组学创新企业Vizgen成立于2019年，在2020-2022三年内合计完成三轮融资，累计融资金额约1.36亿美元。据介绍，Vizgen致力于开发下一代空间分辨单细胞转录组学解决方案，目前已根据哈佛大学的MERFISH技术推出MERSCOPE平台。Vizgen联合创始人、哈佛大学David Walt教授指出：“MERFISH技术在基础生物学和医学领域有广泛的应用，Vizgen的专利技术对于增强单分子检测功能非常重要。”据悉，Vizgen推出的MERSCOPE平台包括定制靶向基因面板、试剂盒和耗材、MERSCOPE仪器、分析计算机、可视化与分析软件等部分，提供从样品制备到数据分析的技术支持。基于MERSCOPE平台，Vizgen能够将每个细胞的响应信号映射回组织样本内的空间坐标，提供组织的详细图谱，并精确定义样本中每个细胞经历的细胞微环境。在应用上，MERSCOPE平台能够分析新鲜或固定冷冻样本、PBMC、贴壁或悬浮细胞等各类组织，可实现转录组进行空间分析，还可实现从组织切片整体到单细胞/亚细胞分辨率的成像分析。这一空间组学技术平台为神经科学、传染病、癌症研究、药物开发、人脑图谱、细胞和基因治疗等领域的基础研究和转化医学提供了创新工具，对药物发现和开发有重要价值。相较于其他空间组学技术，MERSCOPE平台具有高通量、亚细胞级别分辨率、更高检测灵敏度等优势，还可表征低表达基因。作为后起之秀，截至2023年7月底，Vizgen的MERSCOPE仪器已经安装100台。此前，还有数据分析提供商OMAPiX与Vizgen合作，利用Vizgen的MERSCOPE平台技术为大型制药和学术研究项目提供一整套定制的空间转录组和蛋白质组数据服务，以加速药物开发和生命科学研究。近几年，空间组学大热，基于空间组学的学术文章呈指数增长。预计空间组学的应用、研究愈加成熟，其将加速应用到临床市场。海外市场爆发，国内企业崛起相较于海外空间组学的快速应用，国内空间组学行业还处于萌芽期。不过，虽然海外竞争对手的实力极为强大，但国内空间组学企业也在通过差异化优势切入市场。例如，源星智造在工程设计和试剂开发上实现了多维度突破，其自主打造的单细胞空间多组学高端仪器可实现组织切片预处理、抗原修复、染色、成像和图像预处理，并具备亚细胞分辨率、100+重高灵敏的蛋白+RNA同时检测、高通量等优势。结合试剂CFPTM技术，其空间组学平台能全面兼容市场上已有的检测抗体和核酸探针，使用户可快速低成本实现技术升级换代。源星智造表示：“这些工程设计和关键技术，使得公司在进入转化研究和临床诊断市场时具备独特优势。”赛陆医疗推出了多款超分辨空间组学芯片，拥有超分辨解析和大组织承载能力。其组学芯片已经实现亚微米级别分辨率，能够获取组织内亚细胞器水平的转录组信息。目前，赛陆医疗已和多家知名研究机构合作，推动超分辨空间组学工具在科学研究和临床诊断上应用。与从科研切入、向临床场景拓展的企业不同，菲诺维康直接瞄准临床场景，选择将空间可视化病理作为临床落地的切入点。其致力于打造可在同一个设备同时实现DNA、RNA、蛋白等多组学空间信息的解决方案。德运康瑞则在空间组学领域率先推出新型RNA原位测序技术。作为一种重要的空间组学技术，原位测序可以在组织原始位置上以亚细胞分辨率直接呈现基因表达，有望在组织来源标本的病理精准诊断、肿瘤免疫治疗相关诊断和肿瘤微环境分析领域带来显著价值。目前，德运康瑞已与领先的IVD企业战略合作，利用Digital-seq单细胞组学技术切入临床应用，并与顶尖三甲医院合作，快速将空间组学技术进行临床转化。如今，全球空间组学市场处于发展前期，国内企业还有机会从科研市场中杀出一条血路，为后续的临床应用场景奠定基础。

剩余70% 认证后阅读全文

阅读全文

不感兴趣

看过了

取消

本文由“健康号”用户上传、授权发布，以上内容（含文字、图片、视频）不代表健康界立场。“健康号”系信息发布平台，仅提供信息存储服务，如有转载、侵权等任何问题，请联系健康界（jkh@hmkx.cn）处理。

关键词:

Xenium,空间组学,分辨率,亚细胞,增量

人点赞

人收藏

打赏

不感兴趣

看过了

取消

我有话说

共0条评论

0/500

评论字数超出限制

表情

同步到新浪微博

评论

还没有人评论过,赶快抢沙发吧!

为你推荐

相关解决方案

推荐课程

社群

全国医院擂台赛（第八季）

加入

全国医院擂台赛（第八季）

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

中国医院管理奖（第七季）

加入

中国医院管理奖（第七季）

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

中国研究型医院评价遴选

加入

中国研究型医院评价遴选

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

医健企业伴飞计划

加入

医健企业伴飞计划

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

手术室精益管理

加入

手术室精益管理

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

社群

全国医院擂台赛（第八季）

加入

全国医院擂台赛（第八季）

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

中国医院管理奖（第七季）

加入

中国医院管理奖（第七季）

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

中国研究型医院评价遴选

加入

中国研究型医院评价遴选

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

医健企业伴飞计划

加入

医健企业伴飞计划

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

手术室精益管理

加入

手术室精益管理

扫码加入

进群需提交用户信息，审核通过后方可加入。

精彩视频

12

上一页

下一页

健康界峰会

中国医院排行榜

全国医院擂台赛

公众号矩阵

关注我们

健康界App

健康界公众号

健康界小程序

010-82736610

股票代码: 872612

寻求报道

寻求合作

热门产品

关于我们

免责条款

版权说明

快速入口

广告与服务

版权合作

战略合作

意见反馈

©2012-2023  北京华媒康讯信息技术股份有限公司  All Rights Reserved.  注册地址：北京  联系电话：010-82736610

广播电视节目制作经营许可证  —（京）字第 17437号  

京海食药监械经营备20200522号

京ICP备12011723号 京ICP证150092号

京公网安备 11010802020745号

工商备案公示信息

互联网药品信息服务资格证书((京)-非经营性-2020-0015)

x

意见反馈

*请详细描述您的问题或建议: 必填

0

/ 500

*邮箱: 必填

谢谢您的反馈，如果有主动联系我们的需要，请拨打以下热线：

客服电话：13671398313（周一至周日 8：00-18：00）

意见反馈

提交成功

您的申请提交成功

确定

取消

意见反馈

下载APP

健康界APP

中国医疗健康专业知识智享平台

了解更多

返回顶部

剩余5秒

提示

您已认证成功，可享专属会员优惠，买1年送3个月！开通会员，资料、课程、直播、报告等海量内容免费看！

忽略

去看看

×

打赏金额

认可我就打赏我~

1元

5元

10元

20元

50元

其它

打赏

打赏作者

认可我就打赏我~

×

扫描二维码

立即打赏给Ta吧！

温馨提示：仅支持微信支付！

已收到您的咨询诉求 我们会尽快联系您

添加微信客服

快速领取解决方案

您还可以去留言您想解决的问题

去留言

立即提交

Xenium已经发文一大把，你还不知道？ - 知乎

Xenium已经发文一大把，你还不知道？ - 知乎首发于博奥晶典科研服务切换模式写文章登录/注册Xenium已经发文一大把，你还不知道？博奥晶典致力技术创新 成就健康梦想Xenium 原位分析具有高灵敏度、高分辨率、高通量等技术优势，一直听说 Xenium 原位技术在各领域的应用已经在如火如荼展开，那么文章怎么没看到呢？事实上，已经有不少关于 Xenium 的文章发表在bioRxiv预印本网站上，还有一些针对 Xenium 的分析方法也已经见刊。今天小编就为大家解读一下 Xenium 在最新文章当中的应用思路，期望能给到大家参考和启发。文末附 Xenium 相关近半年发表文章列表。应用1单细胞、空间和原位分析联合绘制高分辨率乳腺癌微环境图谱图1 乳腺癌单细胞时空组学研究思路图2022年10月，10x Genomics 团队发表了首篇 Xenium 空间原位分析应用的 bioRxiv 预印本文章。该团队对一个乳腺癌肿瘤 FFPE 样本进行连续切片，再对切片上使用 scFFPE-seq、Visium 和 Xenium。实现了单细胞空间全转录组和靶向原位数据的整合，从而提供高度互补和相互印证的生物学信息（图1）。基于 scFFPE-seq 和 Visium 允许实现样本中的细胞类型注释，再通过将转录本映射到 Xenium 数据，进一步完善了注释并加以验证。Xenium 提供了亚细胞水平的空间分辨率，测试发现该技术能够检测高度复杂的分子特征变化和精确捕捉不同的细胞类型，发现该新技术特别适合应用于研究导管原位癌（DCIS）的肿瘤侵袭（图3）。在乳腺癌肿瘤的研究应用中，Visium 和 Xenium 数据的整合，清晰明了地展示了样本中具有高空间分辨的全转录组信息。该团队使用 Xenium 确定了传统病理学方法无法鉴定的三阳性（HER2+/ER+/PR+）区域，由于该区域面积较小，基因在空间转录组数据中也容易被忽略，而 Xenium 能够从更高分辨率解析三阳性肿瘤区域相关的差异表达（图4）。而在临床中，受体状态可用来帮助预测患者预后和选择治疗策略，因此这一发现是极具临床价值的。图2 DCIS 亚型和侵袭性肿瘤区域的细胞类型组成和分子差异图3 Xenium 发现三阳性肿瘤区域应用2单细胞原位测序揭示多发性硬化症的空间动态图4 多发性硬化症单细胞原位研究思路2023年6月，瑞典团队发表了 Xenium 空间原位分析应用于多发性硬化症（MS）的bioRxiv预印本文章。研究先构建了实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，对不同时期的不同组织部位进行了原位测序检测，并利用单细胞数据注释获得了 MS 病变过程中的时空图谱（图4）。之后，作者利用 Xenium 已有的266 个基因的人脑 panel再对 MS 患者活性和非活性损伤区的脊髓进行了原位测序分析，识别出 240,372 个细胞的空间细胞图谱（图5），该图谱揭示了活动性和非活动性病变的细胞病理学特征，以及少突胶质细胞和星形胶质细胞在 MS 损伤中的空间偏好性，并发现了多个组织学不能发现的非活动性病变区域（图6）。该文献也为我们提供了一个很好的空间原位图片数据挖掘的范例，感兴趣的老师可以细读原文。图5 MS 单细胞空间图谱图6 Xenium 发现 MS 活动性和非活动性病变的区域特征应用3单细胞空间原位测序揭示卵巢癌免疫逃逸驱动机制图7 HGSC 空间单细胞转录组图谱2023年10月，斯坦福团队发表了 Xenium 空间原位分析应用于卵巢癌（HGSC）的bioRxiv预印本文章。研究利用 CosMX、Xenium 和 MERFISH 技术涵盖了 60 例患者 95 个肿瘤中共计 130 万个细胞空间图谱，从遗传、细胞和组织水平深度揭示了 HGSC 肿瘤中的免疫浸润特征（图7），其中Xenium 实验使用人乳腺癌 280 个基因 panel 检测了 32 例 FFPE样本。文章通过原位测序发现初始/记忆 T 细胞被困于肿瘤的基质细胞中，而效应/耗竭 T 细胞主要驻留在肿瘤细胞区域（图8）。这些浸润的 T/NK 细胞与一种癌细胞亚型具有共定位，这种癌细胞高表达淋巴细胞浸润的恶性转录程序（MTIL），进一步研究表明肿瘤的高度拷贝数变异（CNA）能够抑制 MTIL的表达进而驱动免疫排斥。单细胞 Perturb-seq 发现抑制 PTPN1 和 ACTR8 通路可以激活 MTIL，使肿瘤细胞对 T/NK 细胞毒性更敏感。文章揭示了肿瘤中体细胞遗传异常、恶性细胞转录紊乱和免疫逃逸在细胞和组织水平的内在联系，为针对重编程恶性细胞状态的靶向治疗提供了新方向。图8 HGSC 中效应 T 细胞与肿瘤亚型共定位应用4空间原位测序揭示弥漫性中线胶质瘤化疗敏感性调控机制图8 ATM 抑制和化疗后的空间原位图谱2023年10月，杜克大学团队发表了 Xenium 空间原位分析应用于弥漫性中线胶质瘤（DMG）的bioRxiv预印本文章。研究主要聚焦于如何优化 p53 和 H3.3K27M 突变型 DMG 的化疗效果。作者建立了 p53 和 H3.3K27M 突变型 DMG 小鼠模型，发现抑制 ATM 表达能够有效提升该小鼠模型的化疗效果。为了挖掘背后的分子机制，作者利用 Xenium 进行298 个基因的小鼠脑 panel 以及定制的 DMG 特异基因的空间原位检测，得到对照、化疗、抑制 ATM 以及抑制 ATM 后化疗共 4 个小鼠 DMG 样本 790,374 个细胞的空间图谱。研究通过空间原位图谱分析发现在 ATM 被抑制和化疗后，细胞周期、脑信号蛋白通路以及免疫-肿瘤互作都有明显改变。进一步的分子实验研究发现反式活化依赖性的 p53 激活是 DMG 化疗敏感性的关键调控因子。图7 DMG 小鼠空间细胞相互作用分析发布于 2023-11-09 11:33・IP 属地北京空间​赞同​​添加评论​分享​喜欢​收藏​申请转载​文章被以下专栏收录博奥晶典科研服务致力技术创新，实现科学